药物多肽的全序列测定
药物多肽的全序列测定采用埃德曼技术，其特点:1、蛋白质/多肽的N末端氨基酸序列测定2、能连续测定N端60个以上的氨基酸序列3、样品来源:天然提取（动物/植物/微生物）；合成多肽；表达重组等
修饰技术-泛素化Label Free标记定量
（一类低分子量的蛋白质）分子在一系列特殊的酶作用下，将细胞内的蛋白质分类，从中选出靶蛋白分子，并对靶蛋白进行特异性修饰的过程，与蛋白质降解和功能调控密切相关。泛素化在蛋白质的定位、代谢、功能、调节
蛋白质相互作用网络分析
蛋白质相互作用网络中信号流向方向预测；根据网络的拓扑性质，挖掘网络重要节点（如hub节点，crosstalk节点）；根据功能信息注释，进行网络模块化
单一蛋白的高覆盖度分析
iTRAQ/TMT蛋白组定量分析 SILAC蛋白组定量分析 Label Free非标定量分析 半定量分析（spectral count） 鸟枪法蛋白全谱分析 2D蛋白胶点鉴定 单一蛋白高覆盖度分析
磷酸化蛋白质鉴定和定量
对样本进行酶解，TiO2或IMAC富集磷酸化肽段，5600-plus质谱检测，利用得到的质谱谱图与数据库搜索比较，从而得到肽段序列结果，计算出磷酸化位点。磷酸化蛋白选择iTRAQ定量或SWATH定量